Encara que la ramaderia de boví no va ser una activitat predominant al Pirineu lleidatà durant el segle XIX, la crisi del conreu de la vinya, produïda per l’aparició de la fil•loxera, ho canviaria tot de forma molt notable. Els bovins autòctons de les comarques pirinenques lleidatanes (l’extingida vaca Catalana, la Pallaresa i algun ecotip de l’actual Pirinenca) començaren a ser encreuats amb boví lleter, importat de Suïssa (Bruna Alpina) i entrat per la Val d’Aran, per així cercar una possible alternativa econòmica al tradicional conreu de la vinya.

Les primeres fonts escrites que parlen d’importacions de vaques suïsses daten del 1922, però es tenen evidències que al voltant del 1880 es van fer les primeres importacions; el 1881 es va instal•lar una fàbrica de mantega a Gorguja (Llívia), que obligà a la importació de vaques especialitzades en la producció lletera, entre elles la Suïssa; deu anys abans ja s’importaven per Santander.

Estudis morfològics realitzats en un total de vint races espanyoles, situarien a la població Bruna com a integrant de l’anomenat “tronc roig convex turdetà”, conjuntament amb altres races com ara la Pirinenca, la Palmera (Illes Canàries) o la Rubia Gallega. Aquest tronc turdetà, originari de Mesopotàmia i Àsia Menor, fou introduït a Àfrica i Europa via Egipte i estret de Gibraltar.

La raça Bruna dels Pirineus es troba a les comarques pirinenques i prepirinenques de Catalunya: el Pallars Jussà, el Pallars Sobirà, l’Alta Ribagorça, la Val d’Aran, l’Alt Urgell, la Cerdanya, el Berguedà-Lluçanès, el Solsonès i el Ripollès.

Estudis realitzats amb marcadors genètics, amb individus procedents de totes les comarques abans esmentades, confirmen la gran uniformitat genètica mostrada per la raça. Les anàlisis permeten inferir les vies migratòries originàries d’aquests animals, des de les valls muntanyoses dels Pirineus cap a les comarques prepirinenques, amb una clara tendència migratòria NO-SE. El cens aproximat és d’uns 30.000 animals, encara que la xifra es redueix bastant si considerem únicament els animals amb un elevat grau de puresa racial.

En els anys setanta, s’introduïren a la zona races especialitzades per a la producció de carn, com ara la Xarolesa o la Llemosina, que no varen assolir una bona adaptació a les condicions de muntanya, la qual cosa va afavorir la continuïtat de la criança de vaca Bruna. A principis dels anys vuitanta, alguns ramaders, inquiets pel futur de la raça, començaren a organitzar-se, sorgint així les primeres associacions de la Bruna. Aquestes es federaren l’any 1990, constituint així la Federació Catalana de la Raça Bruna dels Pirineus (FEBRUPI).

La Bruna fou oficialment reconeguda com a raça pura l’any 1997 (Reial Decret 1682/1997, de 7/11/97, BOE (Butlletí Oficial de l’Estat) del 21/11/97). No obstant, la raça té Llibre Genealògic propi des del 1990 (aprovat per l’Ordre del 24/08/90 i Resolució del 10/09/90, en el DOGC -Diari Oficial de la Generalitat de Catalunya).