Actualment es poden diferenciar clarament dues varietats: la Negra y la Fagina. La varietat Negra predomina a l’Alt Empordà (Sud), i la Fagina, al Vallespir (Nord). Per a alguns autors, ambdues varietats podrien tenir diferents orígens. La varietat Negra representaria la més primitiva. Provindria de l’antic Tronc Negre Ibèric, que englobaria races com la Negra Andalusa, “Morucha”, Avilenya, etc. La varietat Fagina tindria un origen més recent, i provindria de la varietat Negra a partir de l’encreuament amb altres races: Pirinenca i Gascona principalment. La introducció d’animals d’aquestes races a la Serra de l’Albera hauria estat conseqüència de la repoblació que es va fer a moltes zones dels Pirineus després de la gran epizoòtia de febre aftosa de l’any 1774.

Recents estudis han posat de manifest un important intercanvi genètic amb altres races geogràficament pròximes (per exemple Bruna dels Pirineus), sobretot amb la varietat Fagina, amb el potencial perill d’absorció de la raça i la seva subseqüent desaparició. La varietat Negra va manifestar un major aïllament genètic, respecte a aquestes poblacions veïnes, proposant-se als animals d’aquesta subpoblació com el principal nucli per a un possible programa de recuperació i conservació de la raça.

Segons altres autors, en canvi, ambdues varietats podrien tenir el mateix origen, i es diferenciarien únicament per llur pelatge. Recents treballs filogenètics (morfològics i moleculars) apunten que la raça Alberesa estaria molt relacionada amb les races de l’anomenat Tronc Cantàbric, o boví castany còncau, que inclou races com ara l’Alistana-Sanabresa, les Asturianes (de la Muntanya i de les Valls), la Saiagüesa o la Tudanca.

El més probable és que la raça Alberesa s’hagi format a partir de dues poblacions amb orígens filogenètics diferents, però actualment, i després de dècades d’aparellaments aleatoris les diferències genètiques entre ambdues varietats són pràcticament inexistents. A més a més, i sigui quin sigui el seu origen, i degut al reduït nombre d’exemplars existents, el que semblaria més apropiat seria considerar, per al bon desenvolupament del programa de conservació, tots els individus com pertanyents a una única població, assumint la gran variabilitat de tonalitats de pelatge com un element propi i constitutiu de la raça. Enregistrar tota la informació disponible, principalment genealògica, amb la finalitat última de poder programar els aparellaments més adients, per a mantenir la màxima diversitat genètica amb el mínim increment possible de consanguinitat per generació. Per tant, podem afirmar que, actualment, es disposa d’una població bovina amb una elevada variabilitat cromàtica de pelatge i amb una influència molt evident del Tronc Cantàbric.

La davallada censal, per diferents motius, ha estat molt important en els darrers anys. El cens estimat de 900 individus, a començament de la dècada dels 90 (segle XX), ha passat a ser de només uns 300 en l’actualitat. D’aquests, un 40% els podem considerar encreuats. El 60% restant, animals amb un relativament elevat grau de puresa, corresponien, un 40% a la varietat Negra i un 20% a la varietat Fagina. El nombre de toros es redueix a 5.

Tots aquests animals es localitzen actualment en una única explotació, Baussitges, al terme municipal de l’Espolla, repartits en 3 escamots (Mas Castanyers, Mas Freixe i Mas Roig). Situada entre els 200 i els 1000 m d’altitud, es tracta d’una zona de boscos mediterranis i centreuropeus, amb pastures acidòfiles als cims.