Actualmente se pueden diferenciar claramente dos variedades: la Negra y la Fagina. La variedad Negra predomina en el Alt Empordà (Sur), i la Fagina en el Vallespir (Norte). Para algunos autores, ambas variedades podrían tener orígenes diferentes. La variedad Negra representaría la más primitiva. Provendría del antiguo Tronco Negro Ibérico, que englobaría razas tales como la Negra Andaluza, Morucha, Avileña, etc. La variedad Fagina tendría un origen más reciente, a partir de cruces de la variedad Negra con otras razas: Pirenaica y Gascona principalmente. La introducción de animales de estas razas en la Sierra de la Albera habría sido consecuencia de la repoblación que se hizo en muchas zonas de los Pirineos después de la gran epizootia de fiebre aftosa de 1774.

Estudios recientes han puesto de manifiesto un importante intercambio genético con otras razas geográficamente próximas (por ejemplo Bruna dels Pirineus), sobretodo en la variedad Fagina, con el potencial peligro de absorción de la raza que ello representa y su subsiguiente desaparición. La variedad Negra mostró un mayor aislamiento genético, respecto a estas poblaciones vecinas, proponiéndose los animales de esta subpoblación como el principal núcleo para un posible programa de recuperación y conservación de la raza.

Según otros autores, en cambio, ambas variedades podrían tener un mismo origen, diferenciándose únicamente por el color del pelaje. Asimismo, recientes trabajos filogenéticos (morfológicos y moleculares) apuntan que la raza Alberesa estaría muy relacionada con las razas del denominado Tronco Cantábrico, o bovino castaño cóncavo. Este tronco incluye razas tales como: la Alistana-Sanabresa, las Asturianas (de la Montaña y de los Valles), la Sayaguesa o la Tudanca.

Probablemente la raza Alberesa se formó a partir de dos poblaciones con orígenes filogenéticos diferentes, pero actualmente, y después de décadas de apareamientos aleatorios, las diferencias genéticas entre ambas variedades son prácticamente inexistentes. Además, y sea cual fuera su origen, y debido al reducido número de ejemplares existentes, parecería ser lo más apropiado, para el buen desarrollo del programa de conservación, considerar a todos los individuos como pertenecientes a una única población, asumiendo la gran variabilidad de tonalidades de pelaje como un elemento propio y constitutivo de la raza. Registrar toda la información disponible, principalmente genealógica, con la finalidad última de poder programar los apareamientos más idóneos, para así mantener la máxima diversidad genética con el mínimo incremento posible de consanguinidad por generación. Por tanto, podemos afirmar que, actualmente, se dispone de una población bovina con una elevada variabilidad cromática en su capa, y con una influencia muy evidente del Tronco Cantábrico.

El decremento censal, por diferentes motivos, ha sido muy importante en los últimos años. De un censo estimado de 900 individuos a principios de los 90 (siglo XX), se ha pasado a no más de 300 en la actualidad. De éstos, un 40% los podemos considerar cruzados. El 60% restante, animales con un relativamente elevado grado de pureza, correspondían, un 40% a la variedad Negra y un 20% a la variedad Fagina. El número de toros se reduce a 5.

Todos los animales se localizan actualmente en una única explotación, Baussitges, en el término municipal de la Espolla (Girona), repartidos en tres grupos o “escamots” que se agrupan en torno a las masías: Mas Castanyers, Mas Freixe y Mas Roig. Situadas entre los 200 y los 1000 m de altitud, se corresponde a una zona de bosques mediterráneos y centroeuropeos, con pastos acidófilos en las cimas.