El asno Catalán desciende del tronco ancestral Equus asinus somaliensis, o Asno de Somalia, que dio lugar posteriormente a los asnos del sudoeste de Asia y probablemente también a la gran mayoría de razas europeas. Sin embargo, algunos autores circunscriben su área de origen ancestral a la cuenca mediterránea, concretamente las Islas Baleares, llamando a dicho tronco primitivo Equus asinus europeus, y del cual habrían surgido la mayoría de razas europeas, así como las cuatro razas da capa negra del norte de España: Catalana, Encartaciones, Mallorquina y Zamorana-Leonesa. No obstante, todos los autores admiten el origen difilético de los asnos, correspondiendo el otro gran tronco ancestral al Equus asinus africanus, o Asno de Nubia, siendo sus representantes en España, el Asno Andaluz y el Asno Majorero.

Los restos fósiles más antiguos de Equus asinus en Catalunya, datarían, según Romagosa (1959), de finales del Terciario (Plioceno), hace ahora unos 2 millones de años, concretamente varias muelas e incisivos hallados en Caldes de Montbui (Barcelona). Para Romagosa este hecho es de una trascendencia arqueológica fundamental, ya que corroboraría la existencia en el Plioceno de los asnos en Catalunya, mucho antes de que en Europa se iniciaran las reales o supuestas migraciones orientales. Del Cuaternario Antiguo (Pleistoceno Inferior) parecen ser otros hallazgos importantes, como por ejemplo, un astrálago, dos falanges distales y un fragmento de mandíbula inferior hallados en el Abric Romaní de Capellades, Barcelona, (Rossell, 1930). Posteriormente, se fueron descubriendo y datando restos fósiles de asnos en lugares como: “Cova Gran d’en Carreras” de Serinyà, Olot, Castellfullit de la Roca, Banyoles (Girona), Terrassa y Caldes (Barcelona), Borges Blanques (Lleida), así como en diferentes lugares del Pirineo catalán. Esta distribución geográfica de restos arqueológicos se correspondería, muy exactamente, con las principales zonas “garañoneras” que han existido en Catalunya a través de los siglos.

Sin embargo, recientes estudios realizados con ADN mitocondrial (Beja-Pereira y col., 2004) y estudios arqueozoológicos (Nores y Liesau, 1992), vendrían a rebatir ciertas informaciones anteriores. En primer lugar, la existencia del tronco ancestral Equus asinus europeus y su área de origen de las Islas Baleares. Un estudio filogenético, realizado a partir de 259 asnos procedentes de 52 países del Viejo Mundo, ha puesto en evidencia que todos los asnos domésticos actuales proceden de dos linajes maternos divergentes, consistentes con dos domesticaciones; señalando el Nordeste africano como la localización más probable de domesticación, y siendo por tanto esta especie, la única que habría sido domesticada únicamente en Africa. Los asnos domésticos tienen por tanto dos orígenes maternales divergentes, originados, cada uno de ellos, de las dos distintas subespecies de asnos salvajes del Nordeste africano, es decir: E.a.somaliensis y E.a.africanus. El tiempo estimado de divergencia entre las dos líneas se sitúa entre los 300.000 y los 900.000 años, es decir, entre el Pleistoceno Medio e Inferior.

En segundo lugar, las dataciones que hace Romagosa de los fósiles, presumiblemente asnales, localizados en Catalunya. Como mucho, los asnos llegaron a Europa en el Pleistoceno Medio, conjuntamente con los caballos, por lo que los fósiles Pliocénicos y Pleistocénicos Inferiores de Caldes de Montbui y Capellades bien pudieran ser representantes del Equus hydruntinus, conocido popularmente como Zebro, un équido prehistórico del Pleistoceno europeo. La mayoría de autores siempre habían pensado que se trataba de un asno, sin embargo, estudios arqueozoológicos basados en restos dentales aseguran que sus parientes vivos más próximos son las cebras africanas (Nores y Liesau, 1992). En la Figura se puede observar un gravado de la gruta de los Tres Hermanos (Trois Frères) en la comarca francesa de la Ariège (lindante con Catalunya), representando a un Equus hydruntinus, y en el que podemos apreciar su gran parecido con los asnos.