Per a l'estudi de la variabilitat genètica de la raça es varen obtenir mostres sanguínies de 16 animals (14 femelles i 2 mascles), i es procedí a l'extracció de l'ADN segons protocol estàndard amb mescla fenol-cloroform (Ausubel et al., 1987). Els 15 marcadors d'ADN de tipus microsatèl.lit utilitzats foren: CSSM66, ETH10, ETH152, ETH225, ETH3, HEL1, HEL5, HEL9, ILST5 INRA23, INRA35 INRA37, INRA5, INRA63 i TGLA44, tots ells marcats fluorescentment. Els productes amplificats de la PCR (Reacció en Cadena de la Polimerasa) foren analitzats mitjançant electroforesi capil•lar, amb un seqüenciador d'ADN Applied Biosystems 3100 (ABI 3100), i interpretats posteriorment amb el software d'anàlisi GENESCAN, utilitzant un marcador estàndard de tamanys amb fluorescència TAMRA 350.

L'anàlisi genètic-estadístic es realitzà a partir de les freqüències gèniques aportades pels marcadors. Es varen calcular els estadístics de variabilitat genètica, heterozigositat esperada (He) i observada (Ho) i es realitzà el test d'equilibri de Hardy-Weinberg utilitzant el mètode de la Cadena de Markov mitjançant el programa GENEPOP (Raymond and Rousset, 1995). Així mateix, es calculà l'índex de contingut polimòrfic (PIC) i la probabilitat d'exclusió de cadascun dels marcadors i la seva combinada (PE). L'estructura genètica-poblacional s'analitzà mitjançant els F-estadístics, implementats en el programa FSTAT (Goudet, 2000). Per a l'estudi de les relacions genètiques entre les races i la posterior construcció del dendrograma es va utilitzar la distància DA de Nei (Nei et al., 1983) i l'algoritme NJ (neighbourn-joining method) (Saitou and Nei, 1987), implementats en el programa DISPAN (Ota, 1993). Com a referència i entroncament per al disseny de les relacions filogenètiques de la raça Pallaresa, s'utilitzà la informació de les freqüències gèniques d'altres races espanyoles (Avileña, Bruna dels Pirineus, Mallorquina, Morucha, Pirenaica i Retinta) procedents dels treballs realitzats per Cañón et al. (2001) i per Aranguren-Méndez et al. (2002).

Tots els marcadors varen amplificar correctament i foren polimòrfics en la raça Pallaresa. La mitjana de diversitat genètica poblacional (He), sobre tots els loci, fou de 0,663±0,043, valor de variabilitat genètica comparable a l'obtingut en altres races bovines europees (Kantanen et al., 2000; Cañón et al., 2001). L'índex de contingut polimòrfic (PIC) i la probabilitat d'exclusió de cadascun dels marcadors i la seva combinada (PE) també foren comparables a altres poblacions, essent el valor de PE combinada del 99,9%, confirmant els marcadors genètics utilitzats, la seva utilitat, tant per a la identificació individual com per a la verificació de paternitats.

El dèficit global d'heterozigots fou del 13,6% (P<0,001), encara que únicament 4 loci (HEL1, INRA5, INRA35 i INRA37) contribuïren al mateix, pel que no podem atribuir a la consanguinitat ser la causa principal que hagi ocasionat aquest dèficit. La presència d'al.les nuls no detectables podria explicar part de l'important dèficit d'heterozigots observat en aquests marcadors, tal com ja ha sigut reportat prèviament en altres treballs (Høj Petersen and Bendixen, 2000; Kantanen et al., 2000).

Actualment, tots els representants de la raça bovina Pallaresa estan ubicats en un únic ramat. Lògicament, hauríem esperat que el dèficit d'heterozigots observat i causat per la consanguinitat (degut a un major grau d'aparellament entre individus emparentats) fos realment important. No obstant, i tal com podem veure pels resultats obtinguts això no ha sigut així. Una possible explicació a que aquesta població de reduït tamany censal es trobi majoritàriament en equilibri genètic de Hardy-Weinberg, podria deures al fet de que aquest ramat s'ha anat constituint, en les darreres dècades, a partir de la reagrupació d'individus, coincidents amb el prototip racial (principalment el color blanc uniforme del seu pelatge), de diferents llocs i propietaris d'aquestes valls pirinenques (comunicació oral). La diferent procedència d'alguns individus (generalment els més vells), i la més que probable aportació genètica, en algun moment puntual, per part d'individus de la raça Bruna dels Pirineus (comparteixen ramat i pastures de port), haurien ajudat a mantenir els nivells d'heterozigositat i variabilitat genètica en aquesta reduïda i localitzada població.

I ja per últim, el dendrograma ens mostra, de forma gràfica, l'estreta relació existent entre la vaca Pallaresa i la vaca Bruna dels Pirineus, així com la relació amb altres races peninsulars i l'insular Mallorquina. Els valors en els punts de bifurcació de l'arbre representen els percentatges de replicacions bootstrap desprès de 1.000 permutacions.