L’Ase Català descendeix del tronc ancestral Equus asinus somaliensis, o Ase de Somàlia, que va donar lloc posteriorment als ases del sud-oest d’Àsia i probablement també a la gran majoria de races europees. No obstant, alguns autors circunscribeixen la seva àrea d’origen ancestral a la conca mediterrània, concretament les Illes Balears, anomenant aquest tronc primitiu com Equus asinus europeus, i del qual haurien sorgit la major part de les races europees, així com les quatre races de capa negra del nord d’Espanya: Catalana, Encartaciones, Mallorquina i Zamorana-Leonesa. No obstant, tots els autors admeten l’origen difilètic dels ases, corresponent l’altre gran tronc ancestral a l’Equus asinus africanus, o ase de Núbia, sent els seus representants a Espanya l´Ase Andaluz i l´Ase Majorero.

Les troballes fòssils més antigues de Equus asinus a Catalunya datarien, segons Romagosa (1959), de finals del Terciari (Pliocè), fa ara uns 2 milions d’anys, concretament alguns queixals i incisius trobats a Caldes de Montbui (Barcelona). Per a Romagosa aquest fet és d’una transcendència arqueològica fonamental, ja que corroboraria l’existència al Pliocè d’ases a Catalunya, molt abans de que a Europa s’iniciessin les reals o suposades migracions orientals. Del Quaternari Antic (Pleistocè Inferior) semblen ser altres troballes importants, com per a exemple, un astràlag, dues falanges distals i un fragment de mandíbula inferior trobats a l’Abric Romaní de Capellades, Barcelona, (Rossell, 1930). Posteriorment, es varen anar descobrint i datant troballes fòssils d’ases a llocs com: “Cova Gran d’en Carreras” de Serinyà, Olot, Castellfullit de la Roca, Banyoles (Girona), Terrassa i Caldes (Barcelona), Borges Blanques (Lleida), així com en diferents llocs del Pirineu català. Aquesta distribució geogràfica de troballes arqueològiques es correspondria, molt exactament, amb les principals zones guaraneres que han existit a Catalunya a través dels segles.

No obstant, recents estudis realitzats amb ADN mitocondrial (Beja-Pereira i col., 2004) i estudis arqueozoològics (Nores i Liesau, 1992), vindrien a rebatre certes informacions anteriors. En primer lloc, l’existència del tronc ancestral Equus asinus europeus i la seva àrea d’origen de les Illes Balears. Un estudi filogenètic, realitzat a partir de 259 ases procedents de 52 països del Vell Món, ha posat en evidència que tots els ases domèstics actuals provenen de dos llinatges materns divergents, consistents amb dues domesticacions; assenyalant el Nord-est africà com la localització més probable de domesticació, i sent per tant aquesta espècie l’única que hauria estat domesticada únicament a Àfrica. Els ases domèstics tenen per tant dos orígens maternals divergents, originats, cadascun d’ells, de les dues diferents subspècies d’ases salvatges del Nord-est africà, és a dir: E.a.somaliensis i E.a.africanus. El temps estimat de divergència entre les dues línies es situa entre els 300.000 i els 900.000 anys, és a dir entre el Pleistocè Mitjà i Inferior.

En segon lloc, les datacions que fa Romagosa del fòssils, presumiblement asinals, localitzats a Catalunya. Com a molt, els ases haurien arribat a Europa durant el Pleistocè Mitjà, juntament amb els cavalls, pel que els fòssils Pliocènics i Pleistocènics Inferiors de Caldes de Montbui i Capellades be podrien ser representants de l’Equus hydruntinus, conegut popularment com a Zebro, un èquid prehistòric del Pleistocè europeu. La majoria d’autors sempre havien pensat que es tractava d’un ase, però, estudis arqueozoològics basats en troballes dentals asseguren que els seus parents vius més propers son les zebres africanes (Nores i Liesau, 1992). A la figura podem observar un gravat de la gruta dels Tres Germans (Trois Frères), a la comarca francesa de l’Ariège (fronterera amb Catalunya), representant un Equus hydruntinus, i en la qual podem apreciar la seva gran semblança amb els ases.